KOINONIA - Presença Ecumênica e Serviço foi fundada em 1994 como afirmação da vocação diaconal da comunidade ecumênica que constituiu sua Assembléia de Associados, representantes de mais de duas décadas de luta pela democracia e de afirmação dos valores do movimento ecumênico no Brasil. Suas intenções fundantes foram: a continuidade da tradição ecumênica da prestação de serviços a comunidades locais e ao movimento social, bem como às igrejas.

O processo de implementação da nova instituição marcou o plano de trabalho dos seus primeiros três anos (1995-1997). A implementação de projetos inovadores e o desenvolvimento de novas metodologias de trabalho, fundamentadas na ação cultural, exigiu esforços avaliativos de consolidação da confiabilidade junto ao público beneficiário. Tal processo foi apoiado por iniciativas de gestão que visaram mecanismos efetivos de controle social sobre prioridades e direcionamentos de KOINONIA. Entre estes se destacam uma Assembléia soberana e independente da equipe de trabalho e uma Diretoria não remunerada e atuante nas decisões estratégicas e de pessoal.

O segundo período de três anos (1998 - 2000) pode ser caracterizado como de consolidação de KOINONIA como uma das mais importantes organizações ecumênicas do Brasil. Naquele período a instituição se fez presença ecumênica em diferentes campos de intervenção como na luta por direitos étnicos e ambientais, na formação de educadores, no apoio à busca de melhoria de condições de vida de populações vulneráveis, na ação emergencial contra a seca do Nordeste e enchentes no Rio de Janeiro, bem como na reflexão teológica e na comunicação alternativa.

No período de 2001 a 2003 KOINONIA buscou aperfeiçoar o seu desenvolvimento institucional, estabeleceu novas formas de planejamento, monitoramento e avaliação fundamentadas em metas trienais. Suas estratégias principais foram duas e complementares: no campo social, dedicada ao aumento dos serviços prestados aos setores populares com os quais já vinha se relacionando e à ampliação das alianças institucionais e com os movimentos sociais, a partir do reconhecimento de que tais setores constituem redes sociais; no campo ecumênico, uma maior articulação e visibilidade da contribuição ecumênica (nacional e internacional) ao processo social brasileiro.

A experiência acumulada nesses anos e os desafios encontrados motivaram KOINONIA a se propor, em 2003, um Planejamento Estratégico participativo, cujos resultados orientarão a vida da instituição nos anos de 2004-2009.