O Programa Saúde e Direitos tem dois objetivos principais: a realização de ações educativas sobre saúde e direitos junto a diversas comunidades, contribuindo para a superação do estigma e discriminação contra pessoas que vivem ou convivem com HIV/AIDS; e incentivar e apoiar lideranças locais das comunidades a desenvolverem atividades relacionadas com o tema HIV/AIDS, saúde, educação sexual, direitos sexuais e reprodutivos, e relações de gênero.

Os públicos principais do Programa são as comunidades religiosas (igrejas e terreiros de Candomblé), comunidades quilombolas e comunidades rurais na região do Sub-Médio São Francisco, no interior da Bahia e Pernambuco.

O perfil programático e a abrangência geográfica e sócio-cultural do Programa expressam a intenção e compromisso de KOINONIA de tratar HIV/AIDS e saúde e direitos sexuais e reprodutivos como temas transversais em todas as suas atividades.